A orillas del Estrecho de Magallanes, don Pedro de Valderrama, capellán de la «Trinidad», nave capitana de Hernando de Magallanes, celebró por primera vez Misa en territorio chileno. Fue en 1520, un domingo de noviembre. En 1584 se levantan los dos primeros templos a orillas del Estrecho, y durante trescientos años se sembraron de cruces sus riberas.
«Jesucristo entró a Chile por el Sur«, diría cuatro siglos más tarde Monseñor Pedro Giacomini.
En 1843, al iniciarse la colonización del Territorio por parte del Gobierno de Chile, se reinicia también la acción evangelizadora.
Jurídicamente las tierras magallánicas dependían del obispado de Ancud, y fueron frailes franciscanos procedentes de Chiloé, quienes por casi cuatro décadas, como capellanes de la Colonia, asumieron la sacrificada misión en medio de peligros, incomprensiones, soledad espiritual y penurias de toda índole.
En 1883, bajo el pontificado de S.S. León XIII, la Santa Sede crea para estas dilatadas regiones australes, jurisdicciones eclesiásticas de carecer misionero. El 16 de noviembre, se establece la Prefectura Apostólica de la Patagonia Meridional, Tierra del Fuego e Islas Malvinas y se confía a la Congregación Salesiana. Don Bosco propone al sacerdote José Fagnano Vero como Prefecto Apostólico, asumiendo éste su ministerio en Punta Arenas el histórico 21 de julio de 1887.
Bajo el lema del fundador, «civilizar evangelizando y evangelizar civilizando«, Monseñor Fagnano, en los treinta años de su gobierno pastoral, realizó una obra cuyos frutos son el sólido cimiento de la Iglesia de hoy en Magallanes.
En un territorio cuyos límites no se conocían, eran necesarios esfuerzos especiales para la extensión de la fe y Monseñor Fagnano lo hizo. Su misión fue organizar la Iglesia, darle forma, crear parroquias, colegios, formar clero propio, buscar congregaciones religiosas y llegar a todos los rincones con el mensaje evangélico.
Durante algunos años, simultáneamente con la Prefectura Apostólica, existió la Gobernación Eclesiástica de Magallanes, creada en abril de 1901 por el Obispo de Ancud, Monseñor Ramón Angel Jara, con el propósito de tener en tan apartados territorios un delegado. Cinco sacerdotes ocuparon este cargo. El primero de ellos fue el presbítero Carlos Maringer, quien había sido vice párroco de Magallanes hasta la llegada de Monseñor Fagnano. Le sucedieron el presbítero Francisco J. Cavada, Monseñor Fagnano por algunos meses, y los padres Víctor Durando y Luís Héctor Salaberry.
El 4 de octubre de 1916, pocos días después de morir Monseñor Fagnano, la Santa Sede suprime la Prefectura Apostólica y crea el Vicariato Apostólico de Magallanes e Islas Malvinas, restando al antiguo territorio de la Prefectura, la Patagonia Argentina. Dos fueron los obispos Vicarios Apostólicos y ambos de la congregación salesiana: Monseñor Abraham Aguilera Bravo y Monseñor Arturo Jara Márquez.
Al renunciar este último al cargo por motivos de salud, la Sede Apostólica optó por confiar el Vicariato a sacerdotes con el rango de Administradores Apostólicos. Ellos fueron el padre Luís Amadeo Rojas Muñoz, el padre Pedro Giacomini Caliman y el padre Vladimiro Boric Crnosija.
El 27 de enero de 1947, con el decreto Pontificio «Ut in amplissimo Patagoniae Chilensis Territorio», del Papa Pío XII, el Vicariato fue elevado al rango de Diócesis. El primer Obispo titular fue Monseñor Cándido Rada Senosiain, magallánico, en ese entonces Obispo de Ancud, quien por decisión personal, no llegó nunca a asumir. En 1949, se hace cargo de la Diócesis el recién consagrado Obispo Vladimiro Boric Crnosija, también magallánico, quien casi por 25 años guió los destinos espirituales de su grey, hasta su muerte en 1973.
Para sucederle, tras seis meses de administración diocesana de Monseñor Alejandro Goic Karmelic como Vicario Capitular, el Papa Paulo VI designó en 1974 al sacerdote salesiano Tomás González Morales. Un Pastor para quien Evangelio y Cultura no pudieron estar separados lo cual lo mantuvo en una permanente búsqueda de respuestas a los desafíos del hombre en el tiempo.
Luego de 32 años en el gobierno pastoral, el Padre Obispo Tomás González, por motivos de salud, presenta su renuncia a la Santa Sede. El Papa Benedicto XVI, el 4 de marzo del 2006, nombra como Obispo de la Diócesis al sacerdote salesiano Bernardo Bastres Florence, quien fuese hasta ese momento el Padre Inspector salesiano de la provincia chilena.
Desde esa fecha hasta la consagración episcopal de Mons. Bernardo, la Santa Sede designo al Padre Obispo Tomás como Administrador Apostólico.
El día 22 de abril del 2006, se lleva a cabo la consagración Episcopal del Padre Obispo Bernardo Bastres en dependencias del Instituto Don Bosco en Punta Arenas, hecho histórico para nuestra tierra magallánica; ya que ha sido la primera vez, desde que somos Diócesis, que se realiza una consagración episcopal en nuestro territorio.
En la actualidad la Iglesia de Magallanes cuenta con 10 parroquias, 4 santuarios y numerosas comunidades de base. Además, sirven en ella sacerdotes diocesanos, religiosos salesianos y vicentinos – lazaristas, religiosas hijas de María Auxiliadora, vicentinas y hermanas clarisas. Sin olvidar el apoyo en el trabajo pastoral de los diáconos.
También contamos con la presencia del Obispado castrense por medio de los capellanes que cumplen su labor entre las familias de las diversas ramas de las fuerzas armadas.
Además, la Diócesis cumple su misión de evangelización y ayuda también por medio de fundaciones y establecimientos educacionales.
